故事发生在一所问题高中，班主任林默接手了全校最调皮捣蛋的班级。他采用了一种令人瞠目结舌的教育方式——“羞耻教育”。谁不交作业，就在课堂上大声朗读自己的情书；谁上课迟到，就在校门口做广播体操。在这看似“丢人现眼”的课堂上，学生们却逐渐学会了责任与担当。
毕业典礼上，全班同学给林老师准备了一份特别的礼物——他们将三年来所有的“羞耻惩罚”编成了一部舞台剧，笑着笑着，大家都哭了。
高考前的最后一课，林默没有惩罚任何人。他第一次坦率地讲述了自己年轻时因为叛逆而落榜的经历，鼓励学生们勇敢面对人生的每一场考试。
因为全班集体迟到，林默带领全班在校门口的广场上做广播体操，引来了路人围观。此后，这个班再也没有人迟到过。
班长为了包庇没交作业的好友，主动承认是自己没写。林默罚他朗读自己写的情书，班长念得声情并茂，结果收到了隔壁班女生的告白。
在第一堂课上，林默就宣布了“羞耻惩罚”规则。全班一片哗然，一个刺头学生当场挑衅，结果被罚站在讲台上，面对全班唱了一首儿歌。
新学期，全校闻名的“差班”迎来了新班主任林默。学生们本想给他一个下马威，却被他平静地一一化解，并预告了“羞耻课堂”的正式开始。